El clima en Aljaraque se caracteriza por ser mediterráneo continentalizado, con veranos calurosos y secos, y inviernos moderadamente fríos y más lluviosos. La influencia de la cercanía al mar y la situación geográfica en la provincia de Huelva moderan en cierta medida las temperaturas extremas, aunque las diferencias entre estaciones son evidentes. Los meses más cálidos, especialmente julio, traen temperaturas elevadas que hacen que la época estival sea la más seca y adecuada para actividades al aire libre, siempre que se tenga en cuenta la sequedad del periodo.
Durante el invierno, el tiempo en Aljaraque se vuelve más húmedo, con lluvias frecuentes que concentran en la estación más lluviosa, típicamente en diciembre. La meteorología de la zona refleja un contraste marcado entre estaciones, con un período más agradable para disfrutar del entorno en primavera y otoño, cuando las temperaturas son moderadas y las precipitaciones no son tan intensas. La distribución de las lluvias y las temperaturas define un patrón que influye en la vida cotidiana y en las actividades al aire libre en la localidad.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.