El clima en Aljucén se caracteriza por su naturaleza mediterráneo continentalizada, con veranos calurosos y secos, e inviernos fríos y relativamente lluviosos. La influencia del interior peninsular provoca un marcado contraste entre las estaciones, siendo el verano la época más seca y cálida, especialmente en julio, mientras que el invierno trae consigo mayor precipitación, concentrada en los meses más fríos y en la estación más lluviosa, el invierno.
Las precipitaciones en esta zona suelen distribuirse de forma irregular, con periodos de sequía prolongados en verano y lluvias más frecuentes en invierno. La meteorología de Aljucén favorece que la primavera y el otoño sean estaciones agradables para realizar actividades al aire libre, gracias a temperaturas moderadas y menor humedad. La situación geográfica, en Extremadura, acentúa estos contrastes climáticos, haciendo del tiempo en Aljucén un ejemplo típico del clima mediterráneo continentalizado en la península.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.