El clima en Fontellas se caracteriza por su naturaleza mediterráneo continentalizada, con veranos calurosos e inviernos fríos y moderados. La influencia de la continentalidad acentúa las diferencias térmicas entre estaciones, siendo agosto el mes más cálido y enero el más frío, lo que refleja un marcado contraste estacional. La meteorología de Fontellas muestra una distribución de precipitaciones que alcanza su punto máximo en primavera, especialmente en mayo, y un período más seco durante el verano, con julio como mes más árido. La mayor parte de las lluvias se concentra en la estación primaveral, favoreciendo un paisaje verde y agrícola en esa época del año. La época más agradable para actividades al aire libre suele coincidir con la primavera y principios del otoño, cuando las temperaturas son suaves y las lluvias moderadas. La distribución climática refleja la influencia de su posición en la cuenca del Ebro, con un clima que combina elementos mediterráneos y continentales propios de la región navarra.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.