El clima en Fuentearmegil se caracteriza por ser mediterráneo continentalizado, con marcados contrastes entre estaciones. Los inviernos son fríos, especialmente en enero, mientras que los veranos alcanzan su punto más cálido en julio, con temperaturas que invitan a disfrutar del tiempo al aire libre en épocas más templadas. La meteorología de Fuentearmegil refleja un predominio de temperaturas suaves en primavera y otoño, aunque en estas estaciones también se concentran las lluvias más abundantes, especialmente en otoño, aportando la mayor cantidad de precipitación anual.
El verano suele ser seco, con menos lluvias en agosto, lo que favorece actividades en el exterior durante los meses más cálidos, aunque la estación más agradable para ello suele ser la primavera, cuando las temperaturas son moderadas y la vegetación está en plena floración. La influencia de la orografía y la ubicación en la provincia de Soria contribuyen a un tiempo en Fuentearmegil con un carácter de clima seco en verano y más húmedo en otoño, creando un ciclo marcado y diverso a lo largo del año.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.