El clima en Fuentecén se caracteriza por ser de tipo mediterráneo continentalizado, con marcadas diferencias entre estaciones. Los inviernos suelen ser fríos y con mayor presencia de precipitaciones, especialmente durante la estación más lluviosa, que es el invierno, cuando las temperaturas descienden notablemente. Por otro lado, los veranos son secos y calurosos, destacando agosto como el mes más seco, con temperaturas elevadas y escasas lluvias, lo que favorece periodos de tiempo estable y soleado.
La primavera y el otoño ofrecen condiciones más suaves y agradables para actividades al aire libre, aunque en primavera puede haber lluvias en mayo, el mes más lluvioso. La meteorología de Fuentecén refleja la influencia de su ubicación en una zona interior, donde el contraste térmico entre estaciones es notable y la distribución de las precipitaciones muestra un patrón de mayor humedad en invierno. La época más recomendable para disfrutar del tiempo en Fuentecén suele ser la primavera y principios del otoño, cuando el clima resulta más benigno.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.