El clima en Fuentenovilla se enmarca dentro de un régimen mediterráneo continentalizado, caracterizado por marcados contrastes estacionales. Los inviernos son fríos, con temperaturas que bajan notablemente en enero, mientras que los veranos, especialmente en julio, alcanzan temperaturas elevadas, aunque con periodos secos y de calor intenso. La meteorología de Fuentenovilla refleja una distribución de lluvias que, concentradas en otoño, aportan la mayor parte de la precipitación anual, dejando a los meses estivales como los más secos del año.
Este patrón climático favorece un período de tiempo en primavera y principios de otoño, cuando las temperaturas son más agradables y las condiciones son ideales para actividades al aire libre. La influencia de la posición geográfica y la altitud contribuyen a estos matices, haciendo que el clima en Fuentenovilla sea típico de la región, con inviernos fríos y veranos cálidos y secos, en un equilibrio que marca el carácter del tiempo en esta localidad de Guadalajara.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.