El clima en Graja de Iniesta se enmarca dentro de un patrón mediterráneo continentalizado, caracterizado por veranos secos y calurosos, y inviernos fríos con temperaturas moderadas. La influencia de su ubicación en el interior de la provincia de Cuenca acentúa el contraste estacional, con inviernos en los que las heladas son frecuentes y veranos en los que las temperaturas alcanzan sus valores más altos. La primavera suele ser la estación más lluviosa, aportando la mayor parte de las precipitaciones anuales, mientras que en verano el tiempo en Graja de Iniesta se vuelve notablemente más seco, con poca lluvia y temperaturas elevadas.
Las condiciones meteorológicas en esta zona favorecen que las épocas más agradables para actividades al aire libre sean la primavera y el otoño, cuando las temperaturas son moderadas y la humedad es menor. La distribución de las lluvias, concentrada en la estación primaveral, junto con el carácter continental del clima, determina un paisaje que experimenta un marcado contraste entre estaciones, siendo la meteorología de Graja de Iniesta influenciada por su ubicación en una zona interior, alejada de la influencia marítima directa.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.