El clima en Hontanaya se caracteriza por ser mediterráneo continentalizado, con marcadas diferencias entre estaciones que reflejan la influencia del interior de la península. Los inviernos suelen ser fríos, con temperaturas que bajan notablemente, mientras que los veranos se presentan calurosos y secos, especialmente en agosto, que es el mes más seco del año. La variabilidad térmica entre estaciones es significativa, evidenciando un contraste notable entre el frío invierno y el calor del verano.
Las precipitaciones se concentran principalmente en el invierno, siendo diciembre el mes más lluvioso, aunque en verano las lluvias son escasas. La meteorología de Hontanaya se ve influenciada por su ubicación en una zona interior, donde las lluvias tienden a ser escasas en los meses más calurosos. La época más agradable para realizar actividades al aire libre suele ser durante la primavera y el inicio del otoño, cuando las temperaturas son moderadas y la humedad no resulta excesiva.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.