El clima en Iznatoraf se caracteriza por ser mediterráneo continentalizado, con veranos calurosos y secos, especialmente en agosto, y inviernos fríos y más lluviosos, siendo diciembre el mes con mayor precipitación. La influencia de su situación en el interior de la provincia de Jaén acentúa las diferencias marcadas entre estaciones, con temperaturas que alcanzan su punto más alto en julio y descienden notablemente en enero. La meteorología de Iznatoraf refleja un patrón donde las lluvias se concentran en la estación invernal, mientras que en verano predomina la sequedad, haciendo que esta estación sea la más seca del año.
La época más agradable para actividades al aire libre suele coincidir con la primavera y el otoño, cuando las temperaturas son más suaves y el tiempo en Iznatoraf resulta más estable. La distribución de las precipitaciones y la amplitud térmica reflejan un clima que combina elementos mediterráneos con un marcado carácter continental, influenciado por su ubicación en una zona interior. Esto confiere a la meteorología local un carácter distintivo, con contrastes claros entre estaciones y un tiempo en Iznatoraf que varía significativamente a lo largo del año.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.