El clima en La Pernía se caracteriza por su naturaleza mediterránea, con inviernos fríos y veranos cálidos, aunque moderados por su altitud y proximidad a la cordillera. La estación más fría suele ser el invierno, cuando las temperaturas descienden notablemente, mientras que en verano se experimentan las temperaturas más elevadas, con agosto siendo el mes más seco y cálido. La meteorología de La Pernía presenta un contraste marcado entre estaciones, con inviernos lluviosos y veranos más secos, favoreciendo un paisaje verde en las épocas más lluviosas.
Las precipitaciones se concentran principalmente en invierno, aportando un tiempo en La Pernía que favorece la vegetación y el paisaje montañoso, aunque la estación más agradable para actividades al aire libre suele ser la primavera y principios del verano, cuando las temperaturas son suaves y el clima es más estable. La influencia de su ubicación en la montaña modera las temperaturas extremas y aporta un carácter particular al clima en La Pernía, que combina elementos mediterráneos con matices de clima de montaña.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.