El clima en Los Fayos se caracteriza por ser mediterráneo continentalizado, con marcadas diferencias entre estaciones. Los inviernos son fríos, con temperaturas que bajan notablemente, mientras que los veranos tienden a ser calurosos, especialmente en agosto, que suele ser el mes más cálido. La influencia de la altitud y la proximidad a la meseta aragonesa contribuyen a estos contrastes térmicos, acentuados por la escasa humedad en verano y las lluvias concentradas en primavera.
La meteorología de Los Fayos muestra un patrón de lluvias más abundantes en primavera, siendo mayo el mes más lluvioso, y un periodo de sequía en verano, particularmente en agosto, que es también el mes más seco. La época más agradable para actividades al aire libre suele ser la primavera, cuando las temperaturas son moderadas y el tiempo en Los Fayos es más estable. La distribución de las precipitaciones y las temperaturas extremas reflejan la influencia de su ubicación en una zona de transición entre el clima mediterráneo y el continental.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.