El clima en Magaña se caracteriza por su carácter mediterráneo continentalizado, con temperaturas que experimentan marcados contrastes entre estaciones. Los inviernos son fríos, especialmente en enero, mientras que los veranos, en particular agosto, resultan calurosos y secos, reflejando la influencia de la continentalidad de la zona. La meteorología de Magaña presenta una distribución de lluvias que alcanza su punto álgido en primavera, siendo mayo el mes más lluvioso, y se reduce notablemente en verano, que además es la estación más seca del año.
El tiempo en Magaña suele ser más agradable en primavera y principios del otoño, cuando las temperaturas son moderadas y las precipitaciones permiten una vegetación más exuberante. La influencia de la altitud y la proximidad a la meseta castellana contribuyen a un clima con poca humedad y una marcada diferencia entre las estaciones, haciendo que la climatología urbana de Magaña sea típica de una zona interior de Castilla y León, con inviernos fríos y veranos cálidos y secos.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.