El clima en Mandayona se clasifica como mediterráneo continentalizado, caracterizado por un marcado contraste entre estaciones. Los inviernos suelen ser fríos, con temperaturas que bajan notablemente, mientras que los veranos alcanzan su punto más cálido en julio, con temperaturas elevadas que hacen que esta estación sea la más seca del año. La meteorología de Mandayona refleja una distribución de lluvias que se concentra principalmente en otoño, siendo esta la estación más lluviosa, en contraste con el verano, cuando las precipitaciones son escasas.
El tiempo en Mandayona durante la primavera y el otoño suele ser más agradable para actividades al aire libre, gracias a temperaturas moderadas y una humedad relativamente baja. La influencia de su ubicación en la provincia de Guadalajara, en Castilla-La Mancha, contribuye a un clima con cierta continentalidad, donde las variaciones térmicas entre estaciones son notables. La estación más lluviosa, el otoño, aporta una humedad que favorece la vegetación, mientras que el verano, con su sequedad, limita las precipitaciones y favorece días soleados y despejados.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.