El clima en Puebla del Prior se caracteriza por su influencia mediterránea continentalizada, con veranos calurosos y secos, y inviernos fríos y más lluviosos. La diferencia marcada entre estaciones hace que las temperaturas máximas en verano sean elevadas, mientras que en invierno las mínimas pueden descender significativamente, especialmente en los meses más fríos. La distribución de las precipitaciones muestra un pico en invierno, cuando las lluvias son más frecuentes, en contraste con la sequedad del verano, que suele ser la estación más seca del año.
La meteorología de Puebla del Prior refleja un claro contraste estacional, con un período invernal que suele ser más húmedo y fresco, y un verano que, aunque seco, permite disfrutar de actividades al aire libre en las horas más calurosas. La época más agradable para estas actividades suele ser la primavera, cuando las temperaturas son moderadas y las precipitaciones aún no alcanzan su máximo. La influencia de su ubicación geográfica contribuye a estos patrones, haciendo que el clima sea típico de zonas interioranas de Extremadura.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.