El clima en Puente Genil se enmarca dentro de un patrón mediterráneo continentalizado, caracterizado por inviernos suaves y veranos calurosos. La influencia del interior peninsular acentúa las diferencias estacionales, con temperaturas que alcanzan su punto álgido en julio y bajan en enero, aunque sin llegar a ser extremas. La meteorología de Puente Genil revela que la estación más lluviosa es el invierno, principalmente en diciembre, mientras que en verano las precipitaciones suelen ser escasas, haciendo que esta estación sea la más seca del año.
Las lluvias se concentran en los meses más fríos, y las condiciones meteorológicas en verano favorecen días largos y temperaturas elevadas, ideales para actividades al aire libre. La época más agradable para disfrutar del tiempo en Puente Genil suele ser la primavera y principios del otoño, cuando las temperaturas son moderadas y las precipitaciones aún no alcanzan su punto máximo. La distribución de las lluvias y el contraste térmico entre estaciones reflejan la influencia de su ubicación en la Andalucía interior, lejos de la influencia marítima directa.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.