El clima en Samaniego se caracteriza por ser de tipo mediterráneo continentalizado, con marcadas diferencias entre estaciones. Los inviernos suelen ser fríos, con temperaturas que descienden notablemente en enero, mientras que los veranos alcanzan su punto más cálido en julio, con temperaturas agradables y secas en agosto. La influencia de la ubicación en el interior de Álava contribuye a un contraste notable entre las estaciones, acentuado por la presencia de la cordillera, que modera las temperaturas y favorece un clima más continental.
Durante la primavera, el tiempo en Samaniego se vuelve más lluvioso, con un aumento de precipitaciones que suele ser beneficioso para la vegetación. La estación más lluviosa, en general, coincide con estos meses, mientras que en verano las precipitaciones disminuyen, haciendo que sea la época más seca del año. La mejor temporada para actividades al aire libre suele ser la primavera, cuando el clima es más suave y las lluvias no son tan intensas, permitiendo disfrutar del entorno natural con mayor comodidad.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.