El clima en San Clemente se caracteriza por ser mediterráneo continentalizado, con marcadas diferencias entre las estaciones. Los inviernos suelen ser fríos, con temperaturas que bajan notablemente, mientras que los veranos se presentan cálidos y secos, alcanzando su punto más caluroso en julio. La influencia de la altitud y la ubicación interior de la provincia de Cuenca contribuyen a estos contrastes térmicos, acentuados por la escasa humedad en verano y las lluvias concentradas en los meses más fríos.
La meteorología de San Clemente muestra un patrón de precipitaciones mayormente en invierno, siendo diciembre el mes más lluvioso, mientras que en verano las lluvias son escasas y las condiciones más secas. La época más agradable para actividades al aire libre suele ser la primavera y el otoño, cuando las temperaturas son moderadas y el tiempo en San Clemente resulta más estable y confortable para el turismo y el ocio al aire libre, en un contexto de clima mediterráneo con tendencia continental.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.