El clima en Santibáñez el Bajo se caracteriza por ser mediterráneo continentalizado, con veranos calurosos y secos, e inviernos fríos y más lluviosos. La influencia del interior peninsular acentúa el contraste estacional, haciendo que las temperaturas extremas sean habituales y que la diferencia entre estaciones sea notable. La mayor parte de las precipitaciones se concentra en el invierno, con diciembre como mes más lluvioso, mientras que en verano las lluvias son escasas, destacando julio como el mes más seco y caluroso.
El tiempo en Santibáñez el Bajo suele ser más agradable en primavera y otoño, cuando las temperaturas son moderadas y la humedad no resulta excesiva. La distribución de las lluvias, concentradas en la estación fría, junto con las elevadas temperaturas estivales, refleja la influencia de su ubicación geográfica en Extremadura, en una zona donde el clima mediterráneo se ve marcado por la continentalidad. Esto hace que las actividades al aire libre sean especialmente recomendables en estas estaciones intermedias.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.