El clima en Santo Tomé del Puerto se caracteriza por ser mediterráneo continentalizado, con veranos calurosos y inviernos fríos, reflejando la influencia del interior de Castilla y León. La diferencia de temperaturas entre estaciones es notable, siendo los meses de julio los más cálidos y enero los más fríos, lo que marca un marcado contraste estacional. La meteorología de Santo Tomé del Puerto muestra que la estación más lluviosa es el otoño, cuando las precipitaciones aumentan, mientras que en verano las lluvias son escasas, contribuyendo a un período más seco y estable.
La distribución de las precipitaciones y las temperaturas hace que la época más agradable para actividades al aire libre sea durante la primavera y principios del otoño, cuando el tiempo suele ser más templado y estable. La influencia geográfica, situada en una zona interior, favorece un clima con variaciones extremas entre estaciones, con inviernos fríos y veranos cálidos, en un contexto que favorece un tiempo en Santo Tomé del Puerto bastante marcado por estos contrastes estacionales.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.