El clima en Vilajuïga se caracteriza por ser mediterráneo continentalizado, con inviernos frescos y veranos cálidos. La influencia del interior peninsular acentúa las diferencias entre estaciones, haciendo que los meses más fríos sean notablemente más frescos que el resto del año, mientras que en verano las temperaturas alcanzan su punto máximo. La meteorología de Vilajuïga refleja un patrón en el que las lluvias se concentran principalmente en otoño, dejando los meses estivales más secos, especialmente en julio, que suele ser el periodo más seco del año.
La distribución de las precipitaciones y las temperaturas favorece un clima en Vilajuïga con inviernos relativamente suaves y veranos cálidos, ideales para actividades al aire libre en primavera y principios del verano. La proximidad a la zona montañosa y la influencia del Mediterráneo contribuyen a un tiempo en Vilajuïga que, aunque presenta contrastes estacionales, ofrece condiciones agradables en buena parte del año, especialmente en las estaciones intermedias.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.