El clima en Yunquera de Henares se enmarca dentro de un carácter mediterráneo continentalizado, con marcadas diferencias estacionales que reflejan su posición en el interior de la península. Los inviernos son fríos, especialmente en enero, mientras que los veranos alcanzan su máxima calidez en julio, con temperaturas que suelen ser bastante elevadas. La meteorología de Yunquera de Henares muestra un contraste notable entre estas estaciones, acentuado por la influencia del interior peninsular.
Las precipitaciones se concentran principalmente en el otoño, siendo octubre el mes más lluvioso, y la estación más lluviosa en general es el otoño, mientras que el verano, en cambio, es la época más seca. La distribución de las lluvias, combinada con las temperaturas extremas, determina que la primavera y el otoño sean las épocas más agradables para actividades al aire libre, cuando el tiempo en Yunquera de Henares suele ser más templado y estable. La influencia de su ubicación favorece un clima con veranos secos y inviernos fríos, característico de la climatología de esta zona de Guadalajara.
Normales climáticas WorldClim 2.1 para el periodo 1970–2025.